Para que a energia dos cristais possa estar em pura sintonia com a sua própria energia, é necessário que se faça, de vez em quando, uma limpeza energética, principalmente antes de seu primeiro contato com os cristais e quando eles forem usados para trabalhar com outras pessoas.
Os métodos de limpeza energética mais utilizados são:
Águas naturais (cachoeiras, rios, lagos, mares): Consiste simplesmente em banhar os cristais em qualquer dessas águas, contanto que não estejam poluídas, pelo tempo que a sua intuição determinar.
Água com sal grosso: Coloque os cristais dentro de um recipiente contendo água e sal grosso. Deixe-os aí por algumas horas e, ao retirá-los, lave-os em água corrente para retirar o excesso de sal. Este método só é aconselhável para as pedras duras e transparentes; algumas pedras opacas, como a Malaquita e a Crisocola, não reagem bem com o sal, e podem perder o brilho e a cor.
Defumação: Acenda o incenso de sua preferência (sálvia, cedro, defumador. etc) e sopre bastante sobre seu cristal, defumando todas as suas faces e toda a sua área, pelo tempo que achar necessário.
Drusa (para limpeza de pedras pequenas): Coloque suas pedras sobre uma drusa (aglomerado) de Cristal de Quartzo incolor e deixe-as por bastante tempo, até achar que estão limpas e recarregadas. A drusa por si só, por conter várias pontas de cristal, é autolimpante e auto-energizante.
Sopro: Mentalize luz branca, ou violeta, e sopre sobre seu cristal, com a clara intenção de limpá-lo e de tirar dele toda energia negativa. Inspire luz branca e/ou violeta e expire pela boca sobre o cristal.
Chuva: Deixe seu cristal sob chuva forte. É um ótimo método de limpeza.
Reiki : para limpar os cristais.
Selenita: O método mais prático, eficiente e rápido para limpar Energèticamente qualquer tipo de cristais ou pedras, é usar um bastão natural de Selenita (ou Gipsita). Para isto, coloque sobre uma superfície lisa, um bastão de Selenita e na frente deste um Cristal de Quartzo, cuja ponta deve estar direcionada para todas as pedras que estejam necessitando de limpeza (qualquer tamanho e quantidade). Deixe as pedras nessa posição por cerca de trinta segundos, e elas já estarão todas limpas e energizadas simultaneamente. Este tipo de limpeza serve também para qualquer objeto e para ambientes.